到达百代市的小智一行人，在参观百代博物馆的时候遇上了盗窃事件。
“铃——”尖锐刺耳的警报声传遍整个百代博物馆。
小光道：“发生什么事了？”
小刚道：“是盗窃吗？”
小智无奈道：“是那三个学不乖的人，我们去看看吧！”
小刚和小光在小智的带领下，找到拿着金刚宝珠的火箭队三人，喵喵装扮成了向日花怪。金刚宝珠是神奥地区的神兽时空双神之一帝牙卢卡的专属增强绝招威力的道具。
在神奥的时空传说中，掌管时间的帝牙卢卡和掌管空间的帕路奇亚，在神奥的各个地区都有跟这两只有关的遗迹或者是古代神殿流传至今。
小光怒道：“火箭队，你们把东西还来！”
武藏道：“既然被三号小丫头识破就没有办法了！我们华丽大盗的身份明明很完美的！”
小光吐槽道：“你们那种蹩脚的伪装，识不破才是眼睛有问题了！”小光说话毫不留情。
小次郎赞同道：“话说我们最近的伪装是有些偷工减料了！”
武藏道：“不管了，想要抓我们，不可能！饭匙蛇，使用黑雾！”
武藏派出饭匙蛇使用了黑雾三人趁机逃了，黑雾散去，小光和小刚想要去追，但小智却道：“他们跑不掉的，这里已经被包围了。”
警车的鸣笛声，由远及近已经完全把百代博物馆团团包围住了。
君莎小姐带着一只臭鼬噗找到了小智三人，问道：“刚才与那华丽大盗对战的就是你们吗？”
小智拿出了自己的证件道：“被偷走的是金刚宝珠！这里现在我来负责！”
君莎小姐恭敬递回小智的证件道：“小智搜查官，您能提供帮助，我们很感激。”
“真是不敢相信，你们说犯人使用的是草系宝可梦？”菜种的声音响起，她也刚好来到了百代博物馆，在门口围观的人口中听说犯人是带着向日花怪的二人组，就很是生气。菜种对草系宝可梦的热爱还是一如既往啊！
“咦？这不是小智博士、小光和小刚......”菜种看到了小智三人正想要打招呼，小刚就窜了上去。
小刚满眼都是爱心，道：“菜种小姐，这是命运的重逢！多么令人怀念的草的香味，与你在百代森林中度过的日子......麻掉了！麻了！”
小刚被不良蛙放倒，晃晃斑拉走，一气呵成！
菜种这才能好好跟小智打招呼，道：“小智博士、小光好久不见，你们已经找到可怕的甜蜜了吗？”
小光道：“是的！”
君莎小姐押解着尚志来到了小智他们的面前，道：“小智搜查官，我们抓到一名可疑的男人！这个男的自称是宝可梦吟游诗人，带着毒蔷薇和向日花怪，怎么看都很可疑！”
小智道：“君莎小姐，你抓错人了！”小智跟君莎小姐解释了一下，君莎小姐这才将尚志放开。
尚志道：“各位，好久不见了！”尚志跟小智他们打了招呼，并且解释道：“我在这间博物馆，让思绪飞驰于神奥悠久的历史当中，突然警铃大作，然后就被诸位警察人员给包围，于是我们就在还弄不清楚什么情况下就被抓来了！在得到了小智博士的指教后，我同时在挑战华丽大赛和道馆赛，目前都是一枚。”
小光道：“我也拿到了一枚缎带勋章了！”
尚志拨动手里的梦幻竖琴道：“我看了那场比赛，小光小姐表现得很出色！”
小智道：“我打断一下，君莎小姐那二人组带的宝可梦是喵喵不是向日花怪。先跟我去抓人吧！”小智打断了这继续聊天的和谐氛围，带着君莎小姐他们来到了火箭队三人躲藏的仓库中。
小智推开了门，找到了无处躲藏的火箭队，小智道：“说吧，你们三个为什么要偷金刚宝珠？”
喵喵扮演的向日花怪开口道：“当然是有人委托我们的喵！”
小次郎急忙捂住喵喵的嘴，骂道：“笨蛋，你都说出去干嘛！”
银河队吗？他们果然在打金刚宝珠的主意！
小智道：“河马王交给你了，使用精神强念将金刚宝珠抢回来！”神奥地区打金刚宝珠主意的人除了银河队的老大也不做其他人想了。
小智的河马王登场，从小次郎怀中将金刚宝珠用精神强念夺了回来。君莎小姐接住了金刚宝珠，对臭鼬噗道：“臭鼬噗使用恶臭！”
顿时狭小的仓库中弥漫着刺鼻的臭味，火箭队三人争先恐后的逃离了这里，因为这股臭味倒也没有人阻拦他们，但是接下来的24小时，这股臭味就要伴随着他们了。
小光在他们的后面喊道：“火箭队，你们要好好洗澡哦！”
君莎道：“好像......臭鼬噗我们做过火了！”
小智道：“没关系，他们也不是主谋。我会跟联盟申请，加强对百代博物馆的保护。”
尚志道：“今天的事情还要谢谢小智博士了！”
君莎道：“尚志先生，我要跟你道歉！”
尚志道：“不，我并不在意。重要的是金刚宝珠平安无事。百代市是我最喜欢的城市，将过去联系到今日的城镇。最初始所存在的只有混沌与波动而已，一切混杂在一起，由中心诞生出了最初的宝可梦——阿尔宙斯，阿尔宙斯创造出了两个分身就是帝牙卢卡和帕路奇亚。”
“时间开始转动运行，空间开始扩张延伸，其后又诞生出了由克希、艾姆利多和亚克诺姆。两个分身一祈祷诞生了物之物，三条生命一祈祷诞生了心之物。世界被创造了出来，阿尔宙斯也就陷入了沉睡，这就是神奥的时空传说。”
小光道：“无论听多少次都是很神秘的存在！”
菜种道：“说的是，直接了当，小智博士明天我在百代道馆等你的挑战！”
小智道：“好，明天见！”
金刚宝珠的失窃一事引出了神奥地区的神秘组织——银河队。小智的第二枚道馆徽章的挑战赛，也即将开始！