在米花镇，一场令人毛骨悚然的十二星座连环杀人案悄然拉开了帷幕。
先是白羊座的一位知名企业家被发现死在自己的豪华办公室里，死状凄惨，身旁留下了一个奇怪的白羊座符号。紧接着，金牛座的一位珠宝店老板也以同样诡异的方式遇害，尸体旁有一个金牛座的标记。
警方对此案毫无头绪，案件的诡异和残忍程度让整个米花镇都陷入了恐慌之中。柯南和灰原哀自然也关注到了这一系列案件。
柯南仔细研究着警方提供的资料和现场照片，对灰原哀说：“这些案件似乎有着某种特定的规律，凶手按照十二星座的顺序作案，而且每个现场的布置都很有仪式感。”灰原哀点点头，冷静地分析道：“没错，凶手应该是个对十二星座有着特殊执念的人，他这么做一定有什么目的。”
少年侦探团的小伙伴们也对这个案件充满了好奇，元太拍着胸脯说：“我们一定要帮柯南找出凶手！”光彦则拿着一本星座书认真地看着，说：“书上说每个星座都有不同的性格特点和象征意义，凶手会不会是根据这些来选择受害者的呢？”
随着调查的深入，柯南他们发现这些受害者之间似乎并没有直接的关联，但在他们的过往经历中，都曾与一家名为“星辰科技”的公司有过一些交集。
柯南和灰原哀决定前往“星辰科技”公司调查。在公司里，他们发现了一些奇怪的文件和资料，似乎与某种神秘的星座研究项目有关。
就在这时，他们听到了一阵争吵声。原来是公司的两位高层，一位是双子座的经理，另一位是巨蟹座的主管，他们正在为项目的事情争吵不休。柯南和灰原哀悄悄躲在一旁，偷听他们的谈话。
从谈话中，柯南和灰原哀得知这个星座研究项目涉及到一些不为人知的秘密，可能与凶手的作案动机有关。
离开“星辰科技”后，柯南和灰原哀继续寻找线索。他们发现凶手似乎在每个作案现场都留下了一些微小的线索，这些线索拼凑起来，似乎指向了一个位于郊外的废弃天文台。
柯南和灰原哀带着少年侦探团来到了废弃天文台。天文台里弥漫着一股阴森的气息，四周摆放着各种陈旧的天文仪器和星座图表。
突然，他们听到了一阵奇怪的声音，仿佛是从天文台的地下室传来的。柯南小心翼翼地带着大家来到地下室，发现了一个穿着黑袍的人正站在一个巨大的星座图案前，嘴里念念有词。
“你就是十二星座连环杀人案的凶手？”柯南大声问道。
黑袍人缓缓转过身，露出了一张扭曲的脸：“没错，就是我。我要用这些人的生命来祭奠十二星座，让世人知道星座的力量是不可忽视的。”
原来，这个人是“星辰科技”公司星座研究项目的负责人，他因为对星座的过度痴迷而走火入魔，认为通过按照星座顺序杀人可以获得某种神秘的力量。
柯南和灰原哀与凶手展开了激烈的搏斗。在关键时刻，柯南利用他的足球腰带和脚力增强鞋，成功地将凶手制服。
警方随后赶到，将凶手带走。十二星座连环杀人案终于告破，米花镇又恢复了往日的平静。
柯南看着警车远去的背影，对灰原哀说：“这次的案件真是太危险了，不过也让我们明白了，不能让任何极端的思想和行为控制自己。”灰原哀微微一笑：“是啊，希望这个世界能少一些这样的疯狂和罪恶。”
少年侦探团的小伙伴们也纷纷表示，这次的经历让他们更加明白了正义的重要性，他们会和柯南、灰原哀一起，守护米花镇的和平。