1999 年 6 月 23 日，晚上
东京铁塔顶端，呼啸的狂风裹挟着齿轮转动的嗡鸣，仿佛整个世界都在这股力量下震颤。陈默死死按住胸口，机械表的红光几乎要将他吞噬，体内主齿轮被抽取的剧痛让他眼前阵阵发黑。他望着沙漏底部那具与自己相似的冰封人影，脑海中不断闪过母亲陈玉华的音容笑貌，还有零号消散前那句未说完的提醒，心中满是对未知真相的渴望与恐惧。
“住手！” 林小羽的声音带着哭腔，她紧握着断裂的船票项链，三叶草吊坠在手中发烫。少女看着壹号肆意妄为的模样，想起父亲日记里那些关于守护与牺牲的记载，泪水不受控制地滑落。她暗暗发誓，无论如何都要保护好陈默，揭开三叶草组织的阴谋。此刻，她的钢笔在掌心紧紧攥着，尽管知道可能无法对壹号造成伤害，但只要有一丝机会，她都不会放弃。
张晨将拍立得紧紧护在胸前，镜头里壹号的胎记清晰可见。少年的绷带早已被汗水和血水浸透，他盯着张审计，眼中满是矛盾与挣扎。一方面，他对老审计员的隐瞒感到愤怒；另一方面，暴风雪夜的温暖记忆又让他无法彻底放下信任。“张审计，你最好给我们一个合理的解释！” 他大喊着，声音里带着颤抖，扳手在手中握得生疼。
张审计的手紧紧攥着注射器，青筋暴起。他看着陈默痛苦的模样，想起曾经与陈玉华并肩作战的岁月，心中满是愧疚与决绝。“陈默，相信我！” 老人的声音沙哑而坚定，“只有启动时间锚点，才能打破这个死局！” 他的目光扫过众人，最后落在陈默身上，眼神中充满了恳求与期待。
壹号的笑声愈发张狂，他的身影与沙漏完美融合，整个铁塔的能量都在向他汇聚。“你们以为这样就能阻止我？” 他的声音带着无尽的嘲讽，“陈玉华当年把主齿轮一分为二，将一半植入你体内，另一半...” 他故意停顿，目光落在沙漏底部的冰封人影上，“就藏在他的身体里！而现在，我将让它们重新合二为一，完成三叶草组织最伟大的计划！”
陈默的瞳孔猛地收缩，剧痛让他几乎失去意识，但壹号的话却如惊雷般在他脑海中炸响。他想起在格陵兰天文台看到的影像，母亲为了保护自己做出的牺牲，心中涌起一股强烈的不甘。“我不会让你们得逞！” 他咬着牙，艰难地说出这句话，机械表的光芒突然暴涨，与沙漏产生了奇异的共鸣。
林小羽看着陈默痛苦的样子，心急如焚。她突然想起父亲日记里的一句话：“真正的力量，源于内心的信念。” 少女握紧拳头，将三叶草吊坠贴在胸口，闭上眼，默默祈祷。奇迹般地，吊坠开始散发柔和的光芒，与陈默的机械表遥相呼应，形成一道光盾，暂时挡住了壹号抽取主齿轮的力量。
张晨抓住这个机会，挥舞着扳手冲向壹号。少年的眼中只有愤怒与坚定，他要为陈默争取时间，为他们的未来拼尽全力。然而，壹号轻易地挥了挥手，一道强大的能量波将张晨击飞出去，拍立得也脱手而出，掉落在齿轮缝隙中。
张审计见势不妙，果断冲向沙漏。他举起注射器，准备注入某种神秘液体启动时间锚点。“当年玉华交给我这个，就是为了今天！” 老人大喊道，“陈默，准备好！” 就在他即将注射的瞬间，壹号突然出现在他身后，一把抓住他的手腕。
“老东西，你以为自己还能改变什么？” 壹号冷笑道，“时间锚点一旦启动，不仅你会死，陈默也将成为齿轮的祭品！” 张审计的手微微颤抖，但眼神依然坚定。“为了玉华，为了陈默，我愿意赌上一切！” 他猛地用力，将注射器刺入沙漏。
整个铁塔剧烈震动，沙漏中的齿轮开始逆向旋转，时光仿佛在此刻倒流。陈默感觉体内的主齿轮停止了被抽取，反而开始吸收周围的能量。他望着沙漏底部的冰封人影，那人的面容逐渐清晰 —— 竟是年轻时的父亲！
壹号的脸色终于变了，他疯狂地想要阻止沙漏的转动，但为时已晚。“不！不可能！” 他咆哮着，身影开始变得虚幻。林小羽和张晨艰难地爬起来，来到陈默身边。“陈默，我们一起！” 林小羽坚定地说。三人将手放在沙漏上，机械表、船票吊坠和拍立得的碎片同时发出耀眼的光芒。
在光芒的笼罩下，陈默看到了母亲留下的最后记忆。陈玉华将主齿轮一分为二，分别交给父亲和年幼的自己，含泪说道：“小默，记住，时间的齿轮应该由自己掌控。” 画面消失的瞬间，沙漏底部的父亲缓缓睁开了眼睛。
然而，还没等众人松一口气，铁塔下方突然传来一阵剧烈的震动。一个巨大的身影破土而出，那是一个由无数齿轮组成的机械怪物，它的胸口镶嵌着一枚巨大的三叶草标记。壹号的声音从怪物体内传来：“这只是开始，陈默。当十二座城市的齿轮全部归位，真正的灾难才会降临！”
陈默握紧拳头，看着机械怪物，眼中没有丝毫畏惧。“我们一定会阻止你们。” 他坚定地说。机械表的指针开始正常转动，仿佛在预示着新的征程即将开始。而在城市的某个角落，一个神秘人正注视着这一切，他手中的怀表与张审计的如出一辙，嘴角勾起一抹意味深长的笑容。