星渊之门关闭后的日子里，宇宙暂时恢复了平静。飞船在各星系间巡航，修补受损的设备，众人也难得享受了一段悠闲时光。但柳雅龙始终放心不下，时常盯着混沌核心发呆。
“别太紧绷了。”李君递来一杯热饮，“黑袍人已经消灭，能量核心也安全了。”柳雅龙摇摇头，“我总有种不安的预感，黑袍人临死前的话，让我心里不踏实。”
琉璃正在调试探测设备，突然惊呼：“检测到异常能量波动！在仙女座星系边缘，和星渊议会残留的能量特征很像！”阿强急忙从引擎舱跑出来，“不会吧？那帮家伙阴魂不散？”
“看来我们的担心是对的。”柳雅龙握紧拳头，“准备出发！这次一定要彻底铲除隐患。”小萌抱着混沌核心走过来，“核心也感应到了，那里似乎有什么东西在召唤它。”
飞船抵达仙女座星系边缘，眼前的景象令人毛骨悚然。无数黑色的晶体漂浮在太空中，彼此用能量丝线相连，组成巨大的网络。“这些晶体的排列方式...像是某种大型装置。”琉璃盯着扫描数据，“而且它们正在吸收周围恒星的能量！”
众人刚靠近，晶体突然发射出密集的能量光束。柳雅龙大喊：“散开！找机会突破！”孙悟空一个跟头翻到晶体群上方，金箍棒变大横扫：“看俺老孙的！”可金箍棒打在晶体上，只溅起火花，毫无损伤。
“没用！这些晶体的硬度超乎想象！”琉璃喊道，“必须找到控制中枢，切断能量供应！”艾拉快速搜索：“在晶体网络中心，有个巨大的球形建筑，能量波动最强烈！”
柳雅龙指挥道：“李明用穿甲箭开路，老周和阿强掩护艾拉靠近，我和孙悟空吸引火力，琉璃、小萌在飞船上支援！”战斗异常激烈，能量光束不断袭来，老周的盾牌被打得坑坑洼洼，阿强的声波炮也出现故障。
好不容易接近球形建筑，众人却发现入口被一道透明屏障挡住。“这屏障和星渊之门的能量频率相似！”艾拉皱眉，“得找到对应的破解密码。”小萌突然说：“让我试试！核心好像知道怎么打开。”
在混沌核心的光芒照射下，屏障上浮现出一串神秘符号。小萌集中精神，按照核心的指引输入符号，屏障缓缓消失。众人进入建筑，里面是一个巨大的实验室，中央的培养舱里，浸泡着一个似人非人的生物，它身上布满紫色纹路，散发着危险的气息。
“这难道是星渊议会新的实验体？”柳雅龙警惕地说。就在这时，一个熟悉又陌生的声音响起：“欢迎来到我的新家。”一个身影从阴影中走出，赫然是黑袍人！众人震惊不已，柳雅龙大喊：“不可能！你明明已经死了！”
黑袍人冷笑：“你们以为消灭我的分身就能高枕无忧？真正的我，早就将意识上传到星渊网络。这个身体，不过是新的容器罢了。”他手一挥，实验室四周涌出无数机械守卫，“而你们，将成为我新计划的祭品！”
战斗一触即发，机械守卫如潮水般涌来。孙悟空挥舞金箍棒，柳雅龙剑招凌厉，可敌人越打越多。黑袍人趁机启动培养舱，里面的生物缓缓苏醒，发出震天的怒吼。“这是‘星渊之主’，融合了所有邪恶力量的终极兵器！”黑袍人癫狂大笑，“它将吞噬一切，重塑宇宙！”
星渊之主抬手就是一道能量波，柳雅龙等人被震飞出去。“这样下去不行！”李明喊道，“得先摧毁培养舱，切断它的能量来源！”艾拉则在一旁快速分析：“黑袍人的能量供应来自头顶的能量核心，只要破坏它，就能削弱他！”
柳雅龙当机立断：“孙悟空，你去对付星渊之主；我和李明攻击培养舱；老周、阿强保护艾拉破坏能量核心！小萌、琉璃，你们想办法干扰黑袍人的控制！”
激烈的战斗中，孙悟空与星渊之主打得难解难分，金箍棒的光芒与对方的能量波不断碰撞；柳雅龙和李明的攻击却被培养舱的防护罩挡住；老周和阿强则在机械守卫的围攻下，艰难地护送艾拉靠近能量核心。
小萌举起混沌核心，光芒与黑袍人的控制能量激烈对抗。琉璃大喊：“找到了！他的控制频率在波动！小萌，集中能量攻击这个节点！”在两人的努力下，黑袍人的控制出现松动，部分机械守卫停止了攻击。
关键时刻，艾拉成功破坏能量核心。黑袍人发出一声怒吼，力量大减。柳雅龙抓住机会，挥剑斩向培养舱。随着一声巨响，培养舱破裂，星渊之主失去能量供应，逐渐虚弱。孙悟空趁机一记重击，将星渊之主彻底消灭。
黑袍人见大势已去，想要逃跑。柳雅龙拦住他：“这次，你逃不掉了！”众人合力攻击，黑袍人的身体开始崩溃。“就算我失败，星渊议会也不会消亡...”他最后留下这句话，化作光点消散。
危机再次解除，众人却明白，宇宙的和平依然脆弱。柳雅龙看着破损的飞船和疲惫的伙伴，坚定地说：“只要我们还在，就不会让邪恶势力得逞。下一次挑战，我们也一定能赢！”飞船启动，向着未知的宇宙深处驶去，新的故事，又将开始...