十一月，三省总督朱燮元收到了朝廷下达的圣旨和公文，他第一时间火速令人前往云南传达圣旨。并召集了已经驰援到位的秦佐明、秦拱明和四川提督杜文焕。
军事上，他需要仰仗三人手中的兵马守住成都一线，而民事上，他更需要仰仗三人手中的兵马为四川打出一个朗朗乾坤。
虽然，内阁公文中给四川四个师的军队编制，可朱燮元又不是大闹天宫的孙悟空，他无法一下子变出数万兵马交付三人。现如今，成都城中只有周边数个府、州、卫所、土司增援过来的一万八千兵马，加上成都原有的两千兵马，勉强能凑出两支万人军队。
于是，他命令杜文焕整编驰援来的八千援军加成都两千人马，组建川军第一师；令驰援而来的石柱土司参将秦佐明的石柱白杆兵一万人为川军第二师；光杆司令秦拱明在他身边候命，等其他州府援军抵达之后再行组建第三师。
如今的四川形成了东、南、西三方夹击叛军之势，东边以四川巡抚徐可求为首的川东重镇重庆，其麾下拥有着驰援到位的秦良玉五千酉阳土司兵，湖广总兵林兆鼎领衔的三万兵马，以及重庆周边卫所、标兵六千余人，合计四万余人。
西边以他所在的成都为首，拥兵两万之众。南边以贵州总兵张彦芳一万贵州土司兵为首，如今正在围攻赤水卫。后续的黔军鲁钦部、滇军沐昌祚部、杨愈茂部、云南土司兵龙世荣部都还未完成集结。
正当朱燮元准备令川军秦佐明部出成都往泸州进发时，重庆来的急报到了。
原来，奢崇明所部樊龙、张彤二人领两万精兵东出，接替了围攻重庆数月无功的奢寅所部，继续猛攻重庆。
被撤换下来的奢寅所部四万余人并没休整，直接往兵力空虚的成都而来（成都已有一万八千援军之事，叛军并不知晓，只当成都仅有数千杂牌军镇守。）
奢崇明亲自率领六万大军准备与子奢寅所部汇合，共同攻击成都，准备一鼓作气拿下成都，进而消灭大明朝廷在四川的核心组织机构。
十二月初，十万叛军抵达成都府，并将成都团团包围。
在叛军还未抵达之前，朱燮元令罗纲、龙安、松、茂等道兵力火速来援，又将成都城附近两百里的粟收入城中，布置下属分守四面。叛军围城时，成都城内已经集结了白杆兵一万，其他道援兵一万六千余，以及蜀王散财招募的民兵万余，以及成都标兵两千、衙役一千，总兵力达到了四万人。
叛军以障革包裹竹牌，钩梯攀登城墙，并垒砌土山，建设蓬荜，用弩箭向守军发动攻击。朱燮元指挥守军以火器退敌，年前刚从京师归来的秦拱明接手了火器部队的指挥权，以三段击的阵型，打的攻城叛军溃不成军。
二年元月，苦守月余的守军火器由于火药消耗殆尽，终于熄火。士气大振的叛军蜂拥而至，踩着简易云梯发起了疯狂的攻击。一连数日攻势不休，逼得城中的蜀王都披上铠甲上城墙督战，数日间，双方死伤无数。但成都城仍然屹立不倒。
几日间的厮杀，让朱燮元眉头紧皱。自古攻城战的战损率都是一比三。但守军除却精锐的万余白杆兵，和三千其他土司的土兵外，余下的两万余人皆为成都周边卫所以及城中临时招募的农民，可以说毫无战力可言。
一个多月的守城战，土司兵已经战损三千，两万余民兵也只剩下一万五千余人。而且，所有还能站立的士兵各个都带伤，连总督朱燮元的左臂也中了一箭，可以说局势岌岌可危。
不过好消息是，敌军外围四川稍远地方驰援而来的八千援军已经到位，由于成都被围，使得这部分兵马只能在叛军大营外围朝着成都干瞪眼。
灵机一动的朱燮元，派人通知这股援军，决都江堰水灌注城壕，迫使叛军修桥。计策非常成功，叛军无奈减缓攻势。
成都城获得了难得的喘息之机，腾出手来的朱燮元随后派人诛杀城中通敌的叛徒。要知道，奢家盘踞西南近千年之久，盘根错节的关系根本无法理清，知道此时不是仁慈的时刻，所以朱燮元决定宁杀错不放过，将成都城内与奢家联姻的、交好的通通抓了起来，抄家、灭族，将所有的隐患扼杀在了摇篮中。
解决了内患之后，他召募了数百死士，连夜出城，焚毁叛军在城外的望楼，并击杀伪元帅袁衣锈、总兵杨撰、焦之仁三人。
二年元月末，成都援军逐渐赶来，并传来更多捷报，叛军外围已经集结了一万五千余援军，逼得叛军只得采取围三缺一的战法，抽调了两万余兵马与援军对峙，四面被围的成都城终于出现了转机。
但叛军的势力随着时间的推移也日渐壮大。一日，突然有数千叛军跟随一座“长五十丈”的吕公车抵达城下，因其形体巨大，使得守城军民极为惊恐。朱燮元一面镇静人心，一面利用吕公车行动笨重，易受攻击的弱点，调动巨木作为机关，“转索发炮，飞千钧石”，又用宝贵的大炮轰击拖车的牛，群牛受惊逃散，叛军败退。
二月初，朱燮元通过被叛军俘获的诸生招降了叛将罗象乾，并以诚相待。罗象乾感激不已，在此后不断将叛军的情报告知明军。
朱燮元于是派部将诈降，引诱奢崇明来到城下。奢崇明发觉伏兵，当即逃脱，罗象乾放火夺取敌营。奢崇明父子败走泸州，罗象乾率部投降。
成都之围，历时一百零二日，自此解除。
此战，十万奢崇明叛军，被杀三万余人，投降三万余人，溃败逃入山中上万。奢崇明父子逃到泸州清点兵马时，残兵只剩下了三万余人。
而成都守军也不轻松，四万余兵马战死四千余人，伤六千余人。以一万对七万的战损率，明军打赢了成都保卫战。