蓝永之所以停战两天劝降马尼拉的守军，一方面确实希望能够用这种方式不战而屈人之兵占领马尼拉；另一方面是想等待巴拉望岛第二批、第三批陆军运过来，以便有足够的兵力，包围整个马尼拉城，全歼马尼拉的西班牙守军。
从得到的情报显示，整个菲律宾境内西班牙殖民军主力就在马尼拉了。这里的殖民军装备是最好的，只要全歼了，菲律宾其他的部队就不是大问题。
终于到6月18日上午，第二批、第三批陆军共四个团一万余人及大量155毫米榴弹炮炮弹，运抵马尼拉港口。于是蓝永命令两个团5000人乘坐运输船从北岸登陆，做好进攻马尼拉北面的准备。
马尼拉城被50 英尺厚、20 英尺高的中世纪城墙环绕，墙外有10 米宽的护城河，形成闭合防御圈。城墙沿马尼拉湾海岸线呈直线延伸。
1897年6月19日上午七时，由于未接到马尼拉城里的西班牙殖民军的投降书，中华人民革命军分南北两路包围了马尼拉城。随后先锋部队很快就打到了南棱堡。
南棱堡位于马尼拉城墙西南角，建于1587年，是未完成的大型堡垒的一部分。其结构包括向外突出的棱堡面和侧翼，连接城墙主体，设计初衷是增强城墙对陆地进攻的防御。
但是由于经费所限，南棱堡并没有完全建成，其城防厚度和结实程度远非他城墙段可比。此时由于原来协助西班牙殖民军驻守的菲律宾土着部队已经撤走，现在这个南棱堡只有600名西班牙殖民军凭借着旧式步枪防守。
于是，蓝永命令重炮直轰南棱堡城墙。由于tNt装填的炮弹跟苦味酸火药不一样，敏感度较低，炮弹击穿装甲或者建筑体之后，才会爆炸。
“轰，轰！”两声155毫米加农炮响起，两颗155毫米榴弹炮击穿了城墙，然后发射了巨大的爆炸。由于南棱堡城墙较为薄弱，在爆炸冲击波的作用下，一部分连同城墙上的守军被炸飞上天，其他部分则直接坍塌滑入护城河中。
南棱堡残余的西班牙殖民军，大部分往主城方向溃散，只有几十个人还依靠残垣断壁进行顽抗。于是，充当先锋的欧阳涛命令迫击炮和机枪对马尼拉城墙上的西班牙守军进行射击，掩护步兵部队填平马尼拉城的护城河。
6月19日中午十一时，经过三个小时的填土，在牺牲了7名士兵之后，人民革命军终于填平了马尼拉的护城河，并开辟出一条20米宽的道路，并攻上了马尼拉城墙。
不过城墙上的西班牙殖民军反抗还是很激烈。
于是，为了避免大量人员伤亡，在中午十二时，蓝永下令重炮炮轰马尼拉城。
由于马尼拉是整个菲律宾最难啃的地方，所以蓝永不再珍惜重炮炮弹，下令十门155毫米榴弹炮根据热气球观察到的马尼拉城中主要目标的坐标，进行猛烈炮击。
人民革命军的155毫米重炮的炮击持续了十多分钟，发射了五百发155毫米榴弹炮，几乎覆盖了面积只有1平方公里的马尼拉内城。
一发装填tNt炸药的155毫米榴弹炮炮弹，其爆炸杀伤半径可达30米，有效杀伤半径达到100米，能够穿透200毫米厚的钢筋混泥土工事，单发炮弹可覆盖标准足球场大小的区域。
由于在榴弹炮炮弹里装入tNt直到1902年才被德国人发现，所以现在这种炮弹只有人民革命军所掌握。所以西班牙殖民军和欧洲雇佣军未曾想过有这种炮弹，虽然修筑了大量土木工事，但是在155毫米榴弹炮面前根本就不够看的，往往在第二轮炮击中便坍塌，甚至活埋了里面的官兵。
五百发155毫米榴弹炮炮弹，从制造成本算近一万二千五百块特区银元，就这样砸下去之后，1.1万名西班牙殖民军守军由于拥挤在1平方公里城区，顷刻间便有七千多人伤亡，城中大量土木建筑倒塌。
炮击之后，人民革命军吹响了冲锋号，在山炮和迫击炮的掩护下，沿着马尼拉城墙，迅速冲入了马尼拉城内，清理残敌。
对马尼拉里的残敌清理持续了两个小时，而位于马尼拉城西北端的圣地亚哥堡，在炮击中受到一定影响，但是并未坍塌。该城堡同样有厚达10米的墙体，墙体由沙子、粘土和鸡蛋清混合建成，作为西班牙菲律宾总督里维拉的官邸。
6月19日下午十五时，眼见大势已去，西班牙菲律宾总督维拉在圣地亚哥堡悬挂起白旗，率领残余3765名西班牙殖民军向蓝永投降。
于是马尼拉的守军之前拒绝了投降，蓝永特意了解了一下原因，随后当得知对方是因为担心投降之后，会被送到中国的煤矿挖煤！听完了他们的供诉之后，蓝永当即满足他们的想法，下令除了总督里维拉外，将攻打马尼拉城战斗中俘获的4279人全部送回辽东半岛煤矿挖煤。
1897年6月20日起，人民革命军用了三天时间对马尼拉附近几个由西班牙殖民军驻守据点进行了扫荡，到23日就全部控制了600多平方公里的马尼拉市，并在各要害处建立了据点。
至此，马尼拉战役结束，这次战役扣除圣安东尼奥?阿巴德堡之战外，人民革命军以牺牲42人，受伤141人的代价，击毙了西班牙殖民军5983人，俘虏4280人，缴获各式步枪9765支，各式子弹38万余发，粮食2000余吨，马匹176匹，驴54头，牛387头，西班牙比索、金银块、城中机械设备等财物折合2428万特区银元，几乎将西班牙这两年在菲律宾抢夺的财物堆积起来的宝库给抢空了。
随着，五色旗在马尼拉飘起，大量缴获的战利品和战俘被装上运输船运回了东北特区，而东北特区则在新移民中挑选了一万余人，编成巴拉望建设师，携带家属3万余人，乘坐运输船南下，在巴拉望岛、萨马岛军垦，并宣布成立巴拉望特别市，负责管理巴拉望岛、萨马岛两地。
在得知人民革命军占领了马尼拉之后，美国驻华公使田贝，便急不可耐的电请岳天命令人民革命军继续平定菲律宾各地，另要求在8月份就向美军交接马尼拉的控制权。
岳天的回电只有一句话“一手交钱，一手交货！”
看得田贝摇了摇头，无奈地说道：“钱迷”。